Büyük İskender'in ölümü ile imparatorluk parçalandı, Filistin ve Mısır, General Batlamyus'un hâkimiyetine girdi.
Bu dönemde Seleucid (Silifke) Krallığı oluştu. Helenleşen Yahudilerle dindar Yahudiler arasındaki ilişkilerin bozulması, Seleucid Kralı IV. Antiochus Epiphanes'in (Şabat, sünnet gibi) belirli Yahudi dini törenlerini ve geleneklerini yasaklamasına yol açtı.
Bunun sonucu olarak Ortodoks (dindar) Yahudiler, (Makabi olarak da bilinen) Haşmonay Ailesi'nin liderliğinde başkaldırdılar. Bu isyan daha sonra Haşmonay Hanedanı olarak bilinen, mö.165'ten mö.63'e kadar süren bağımsız bir Yahudi krallığının oluşmasına yol açtı.
Haşmonay Hanedanı zamanla Salome Alexandra, II.Hyrcanus ve II.Aristobulus'un oğulları arasında çıkan iç savaş sonucunda parçalandı. Kral yerine teokratik bir ruhban sınıfı tarafından yönetilmeyi tercih eden halk, bu konuda Romalı yetkililerden yardım istedi. Böylelikle Pompey'in liderliğinde Romalılar, yöreyi fethedip yönetimi ele geçirdiler.
Bu dönemde Yahudilere Mısır'da yeni kurulan İskenderiye şehrine göç için teşvikte bulunulmuştur. Helenistik dönem ile Suriye, Anadolu, Bâbil ve özellikle İskenderiye'de Yahudiliğin önemli merkezleri ortaya çıkmıştır.
Bu dönem süresince Yahudiler Yunan hâkimiyeti altında Yunanlaştırma politikasının baskısı altında kalmışlardır. Makedonya Krallığı'nın Filistin'de Helenizm'i yerleştirmek istemesi neticesinde, kutsal tapınağa putperestliğin sembolü Zeus heykeli konuldu. Yunan ordusu mö.163'te Makabi ailesinin önderliğinde başlatılan isyanı bastırarak Kudüs'ü tekrar ele geçirmiştir.